Der Wechsel in die gymnasiale Oberstufe ist ein wichtiger Schritt zur Vorbereitung auf die Anforderungen in Studium oder Beruf, die nach der Schullaufbahn an die Schülerinnen und Schüler gestellt werden. Die Eigenverantwortlichkeit in der Unterrichtsorganisation nimmt zu, es können neue Fächer gewählt werden und es gibt keinen Klassenverband mehr.

Das Gymnasium Wanne zeichnet sich durch eine besonders intensive Beratungstätigkeit in der Oberstufe aus, sodass die Beratungslehrkräfte des Oberstufenteams in allen drei Jahrgangsstufen den Schülerinnen und Schülern bei individuellen Fragen zur Laufbahn, Problemen im Unterricht und weiteren Fragen zur Oberstufe mit Rat und Tat zur Seite stehen. Es existieren tägliche Sprechzeiten, in denen die Schülerinnen und Schüler mit ihren Sorgen und Nöten am Oberstufenbüro vorbeikommen können.

Am Ende der Jahrgangsstufe 9 finden Informationsveranstaltungen zur Oberstufe für Eltern und Schülerinnen und Schüler zu Fächern, Laufbahnen, Abschlüssen und Fächerwahlen statt. Die Planung der Schullaufbahn erfolgt dabei mit dem Programm LUPO und wird ergänzt durch eine individuelle Einzelberatung durch das Oberstufenteam.

In der Einführungsphase werden elf Fächer und ein Vertiefungskurs gewählt, darunter Pflichtkurse wie Deutsch, Mathematik, Englisch, Kunst oder Musik, eine Gesellschaftswissenschaft, eine Naturwissenschaft, Religion oder Philosophie, Sport und weitere Wahlfächer. Neue Fächer in der Oberstufe sind Sozialwissenschaften, Psychologie, Pädagogik, Philosophie und Spanisch. Hinzu kommen Vertiefungskurse um mögliche Lücken in den Hauptfächern zu schließen. Zur Einführung in die Oberstufenorganisation und die entsprechenden Formalitäten findet zu Beginn des Schuljahres ein dreitägiges Seminar statt. Ebenso absolvieren die Schülerinnen und Schüler der Jahrgangsstufe EF ein dreiwöchiges Schülerbetriebspraktikum mit Vor- und Nachbereitung durch die Studien- und Berufsberaterinnen. Am Ende der Einführungsphase erlangen die Schülerinnen und Schüler mit der Versetzung in die Qualifikationsphase den mittleren Bildungsabschluss.

Für einen gelungenen Wechsel in die Qualifikationsphase 1 finden am Ende der Einführungsphase Beratungen bei den Fächerwahlen zur Qualifikationsphase statt, da Leistungskurse und Grundkurse festgelegt werden müssen, die unterschiedliche Berücksichtigung in den Abiturberechnungen finden. Als Besonderheit werden am Gymnasium Wanne Leistungskurse auch in den Fächern Psychologie, Sport und Pädagogik angeboten. Im Grundkursbereich kommt als neues Angebot das Fach Literatur mit Theateraufführungen oder Filmproduktionen hinzu. Das Ziel der bei Schülerinnen und Schülern beliebten Studienfahrt wird entsprechend der Leistungskurse zugeordnet: der Sport-Leistungskurs geht Skifahren, der Biologie-Leistungskurs fährt ans Meer und der Englisch-Leistungskurs natürlich nach England. Ebenso ist in der Qualifikationsphase 1 eine Facharbeit in einem Fach der eigenen Wahl anzufertigen. Sie soll die Schülerinnen und Schüler in das wissenschaftliche Arbeiten an der Universität einführen. Mit entsprechenden Noten erlangen die Schülerinnen und Schüler am Ende der Qualifikationsphase 1  den schulischen Teil der Fachhochschulreife.

Vor dem Wechsel in die Qualifikationsphase 2 erfolgen Beratungen zur Wahl der Abiturfächer im dritten und vierten Abiturfach, zu Wiederholung oder Abgang mit schulischem Teil der Fachhochschulreife statt und die Schülerinnen und Schüler erhalten alle wichtigen Information zur Abiturprüfung und zum Bestehen des Abiturs.